已知DNA序列设计引物检测RNA

直接发送给我,我帮你设计.

一般未知的序列旁边都有已知的一段吧,就是你说的“修饰片段”?PCR这种flankingsequence可以有很多方法,比如TAIL-PCR,用ADprimer（简并引物）和特异性引物就可以得到目标片段

你先设计几条引物,然后上NCBI数据库BLAST一下（在外显子上设计比较好些）再问：我的想法是先将已知的序列与同源物种比对，以同源物种多出的区域设计上下游引物，可是这样得到的引物分值太低，怎么办再答：

1.登陆NCBI网站2.在上排找到BLAST,点击进入,我只用过Oldblast,你可以点击Oldblast的连接进入.3.找到Searchforshort,nearlyexactmatches,点击

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/194473617?report=genbank

去百度百科有

我很奇怪,你写的序列怎么没有方向呢?哪端是3’端?哪端是5’端?如果开头那个部分是5’端的话,你的一对引物的序列分别为：5’—gaatgtacgtgccgc—3'5'—actagctacaatcc—3

把这段基因输入设计软件里,调节引物位置,使变性温度在94度,退火温度=Tm-（5到10度）延伸温度72度左右,满足这些条件基本就可以了,当然还要根据实际情况多次实验得到最佳引物.如果你要扩增整个的基因

好像用这个软件设计引物的很少吧,我一般都用PrimerPremier5,或者oligo7.这种专业软件很多专业论坛都有说明书下载,比如生物秀、丁香通、生物谷什么的.

引物设计原则：1、长度：15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性.2、G十c含量

如果你用来PCR的模板是DNA,那么设计引物的时候不需要考虑编码非编码.考虑外显子内含子是在你的模板是cDNA的情况下,也就是转录剪切过了,这个时候cDNA里没有内含子了,那么设计引物就要避开内含子.

这问题都上百度知道来问了,你也是生物专业的研究生吧.PrimerPremier5这个软件设计引物用很不错的.

首先请上NCBIBLAST搜索之(blastp).或许可以直接查到你研究物种的基因序列.即使没有,有近缘物种的基因序列也是个好的参考,通过比对,选择序列保守区设计引物.若搜索不到任何信息,就需要通过设

在两个外显子上设计上下游引物就可以再问：跨外显子是吗？再答：是的，在相邻的两个外显子上就好。

对上面这个页面进行一下必要的介绍：BLAST的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST、SpecializedBLAST.相信大家可以看懂

PCR的目的是为了扩增目的基因小一点的基因可以直接合成但是大一点的基因就得用PCR扩增了引物是和目的基因的一端互补的单链DNADNN左边一个序列右边一个序列而且DNA的复制只能按照一个方向复制就是由3

根据cDNA序列设计就行了,不用加3‘utr,你做载体构建还是tr-pcr基因检测?再问：做rt-pcr检测。我们老板说要加上3‘utr的序列，不知道为什么？再答：不用加，我做rt-pcr检测那么多了

当然是dna的啦,引物的设计有很多需要注意的地方哦,不然怎么有primer5、oligo7之类设计引物软件呢.

一般来说,RT-PCR的时候很多情况下会不知道模板DNA的序列,可以在Genbank中寻找和你要扩增的物种的亲缘关系较近的物种的同源基因,多找几种,用DNAMAN或其他软件可以比对它们的序列,这样可以

运用DNASTAR软件把DNA序列反向互补,然后再用引物去匹配就可以了