神马作文网如何使用Mfold软件?预测RNA的二级结构?
来源：学生作业帮 编辑：神马作文网作业帮 分类：综合作业 时间：2024/11/19 18:50:53
如何使用Mfold软件?预测RNA的二级结构?
画出平面图就可以
画出平面图就可以
预测RNA二级结构如下进行：
1.选择file|RNA fold single strand启动模块,单击sequence按键,打开对话框以载入序列,此序列必需以.SEQ为扩展文件名,其它序列文件可在序列编辑器中转为此格式.注意必需为大写字母.
2.输入文件名后,缺省值将填充在剩下的区域,这些值可改变.选取 Generate Save File选项,在执行算法后生成存盘文件,此存盘文件用于重新折叠与生成点阵图.
3.在此碱基可被强制为单链或双链或螺旋.
4.单击开始键,开始预测运算.
5.需要的话,选择Draw structure,在绘图模块中看预测的二级结构结果.输出的二级结构以最小自由能顺序排列.但由于方法的限制与热力学参数的简化,第一个结构并不一定为实际的RNA结构,
要折叠一个已存贮为.seq文件的序列,可选择菜单选项file|fold RNA single strand,直接进入折叠窗口.或单击工具条中的fold RNA single strand键.
折叠RNA单链
次优结构输出的数量由用户输入的两个参数决定.
Max % Energy Difference:设定输出结构的自由能允许与最小自由能相差的百分数.例如如果结构的最小自由能为-100 kcal/mol,最大能量百分误差为10,将输出所有能量为等于或大于-90 kcal/mol的结构.
Max number of structures:设定生成的结构数量.最大为1000.
程序输出预测结构直到以上任何一个参数达到要求.
Window size:此参数控制次优结构互相之间有多少不同.小的Windows size只允许生成非常接近的结构,大的Windows size则需要更大的不同.
Advanced Options:除非特殊情况,不推荐使用.
RNA折叠单链模块
强制一个碱基为单链
在二级结构预测时,用户可选择不配对的碱基.方法如下：
1.在序列文件中,不配对碱基使用小写字母表示.
2.选择要折叠的序列后,选择Force/Single菜单,进入文本编辑框,输入不配对碱基从5'端的位置序号.单击OK.
查看目前的选择碱基,选择Force|Current.重新设定选择碱基,选择Force|Reset.菜单命令.
强制一个碱基为双链
用户能选择必须配对的碱基,由Force|Double菜单命令完成,操作类似上述.
RNA折叠单链模块
强制一个碱基对
选择菜单命令Force|Pair.完成.
折叠模块
使用限制
尽管作者努力,预测的最低自由能结构可能并不是自然界存在的形式,特别当序列长度为几百时,但至少其可能的结构已限制在一定数量内.
最近的研究证明最低自由能结构,含有大约70%正确的碱基对,但前1000个最佳次优结构中的一个结构会含有大于95%的正确的碱基对.因此建议进行实验以限制预测的结构.例如,化学修饰数据可帮助识别存在与自然界中的结构.Mix&Match模块的功能便是帮助你使用此类数据识别最可能自然结构.
RNAstructure现在也提供其它几种折叠的预测,如单链DNA折叠,RNA或DNA寡聚体的分子间折叠.并提供重新折叠选项refold重新生成已折叠序列的次优结构.
单链DNA折叠
使用John SantaLucia,Jr.及其同事提供的热力学参数,也可折叠DNA序列.
RNA或DNA分子间折叠
可使用RNA或DNA参数确定寡聚体的分子间二级结构,这需要选定两个序列.
分子间折叠使用初始参数以正确决定自由能.但也有一些限制.程序算法不能预测pseudoknots,对于分子间折叠意味着pseudoknots结构如kissing hairpins结构不能被正确预测,因此,使用的分子间折叠的序列应很短.
Refold
重新折叠选项可读取一个由任何折叠模块生成的存盘文件*.sav,并生成一个不同的次优结构.因为程序算法分为两部门,因此这功能非常有帮助.第一步是非常慢的一步,重新折叠便读取第一步的数据快速生成其它结构.
EFN2 能量函数2
此模块计算结构的自由能
1.单击.CT File按键,打开对话框输入.CT文件的名字,这是一个含有二级结构信息的文件格式,以CT为扩展名.
2.对于输出文件.OUT,给出了缺省名称,可单击Out file 按键更改
3.单击Start 按键
4.输出两个文本文件扩展名分别为.CT与.OUT.
5.使用文本文件编辑器打开文件,
6.结构以自由能大小排列,
绘图模块
1 选择菜单命令File|Draw.
2.选择一个已存在的.CT文件绘图
如果.CT文件含有超过一个结构,可以选择观看哪个结构.在菜单中选择View|Structure number,选择想要观看的结构.或按住Control键按动上箭头或下箭头也可更改现有显示结构.
放大缩小
选择View|Zoom或按住Control键按动左箭头或右箭头.
打印
选择File|Print.
拷贝到剪贴板
选择Copy菜单place a black and white bitmap on the clipboard将其拷贝到剪贴板,并可复制到其它应用程序.
可在view|counterclockwise菜单选项选择是顺时针还是逆时针绘图.
1.选择file|RNA fold single strand启动模块,单击sequence按键,打开对话框以载入序列,此序列必需以.SEQ为扩展文件名,其它序列文件可在序列编辑器中转为此格式.注意必需为大写字母.
2.输入文件名后,缺省值将填充在剩下的区域,这些值可改变.选取 Generate Save File选项,在执行算法后生成存盘文件,此存盘文件用于重新折叠与生成点阵图.
3.在此碱基可被强制为单链或双链或螺旋.
4.单击开始键,开始预测运算.
5.需要的话,选择Draw structure,在绘图模块中看预测的二级结构结果.输出的二级结构以最小自由能顺序排列.但由于方法的限制与热力学参数的简化,第一个结构并不一定为实际的RNA结构,
要折叠一个已存贮为.seq文件的序列,可选择菜单选项file|fold RNA single strand,直接进入折叠窗口.或单击工具条中的fold RNA single strand键.
折叠RNA单链
次优结构输出的数量由用户输入的两个参数决定.
Max % Energy Difference:设定输出结构的自由能允许与最小自由能相差的百分数.例如如果结构的最小自由能为-100 kcal/mol,最大能量百分误差为10,将输出所有能量为等于或大于-90 kcal/mol的结构.
Max number of structures:设定生成的结构数量.最大为1000.
程序输出预测结构直到以上任何一个参数达到要求.
Window size:此参数控制次优结构互相之间有多少不同.小的Windows size只允许生成非常接近的结构,大的Windows size则需要更大的不同.
Advanced Options:除非特殊情况,不推荐使用.
RNA折叠单链模块
强制一个碱基为单链
在二级结构预测时,用户可选择不配对的碱基.方法如下：
1.在序列文件中,不配对碱基使用小写字母表示.
2.选择要折叠的序列后,选择Force/Single菜单,进入文本编辑框,输入不配对碱基从5'端的位置序号.单击OK.
查看目前的选择碱基,选择Force|Current.重新设定选择碱基,选择Force|Reset.菜单命令.
强制一个碱基为双链
用户能选择必须配对的碱基,由Force|Double菜单命令完成,操作类似上述.
RNA折叠单链模块
强制一个碱基对
选择菜单命令Force|Pair.完成.
折叠模块
使用限制
尽管作者努力,预测的最低自由能结构可能并不是自然界存在的形式,特别当序列长度为几百时,但至少其可能的结构已限制在一定数量内.
最近的研究证明最低自由能结构,含有大约70%正确的碱基对,但前1000个最佳次优结构中的一个结构会含有大于95%的正确的碱基对.因此建议进行实验以限制预测的结构.例如,化学修饰数据可帮助识别存在与自然界中的结构.Mix&Match模块的功能便是帮助你使用此类数据识别最可能自然结构.
RNAstructure现在也提供其它几种折叠的预测,如单链DNA折叠,RNA或DNA寡聚体的分子间折叠.并提供重新折叠选项refold重新生成已折叠序列的次优结构.
单链DNA折叠
使用John SantaLucia,Jr.及其同事提供的热力学参数,也可折叠DNA序列.
RNA或DNA分子间折叠
可使用RNA或DNA参数确定寡聚体的分子间二级结构,这需要选定两个序列.
分子间折叠使用初始参数以正确决定自由能.但也有一些限制.程序算法不能预测pseudoknots,对于分子间折叠意味着pseudoknots结构如kissing hairpins结构不能被正确预测,因此,使用的分子间折叠的序列应很短.
Refold
重新折叠选项可读取一个由任何折叠模块生成的存盘文件*.sav,并生成一个不同的次优结构.因为程序算法分为两部门,因此这功能非常有帮助.第一步是非常慢的一步,重新折叠便读取第一步的数据快速生成其它结构.
EFN2 能量函数2
此模块计算结构的自由能
1.单击.CT File按键,打开对话框输入.CT文件的名字,这是一个含有二级结构信息的文件格式,以CT为扩展名.
2.对于输出文件.OUT,给出了缺省名称,可单击Out file 按键更改
3.单击Start 按键
4.输出两个文本文件扩展名分别为.CT与.OUT.
5.使用文本文件编辑器打开文件,
6.结构以自由能大小排列,
绘图模块
1 选择菜单命令File|Draw.
2.选择一个已存在的.CT文件绘图
如果.CT文件含有超过一个结构,可以选择观看哪个结构.在菜单中选择View|Structure number,选择想要观看的结构.或按住Control键按动上箭头或下箭头也可更改现有显示结构.
放大缩小
选择View|Zoom或按住Control键按动左箭头或右箭头.
打印
选择File|Print.
拷贝到剪贴板
选择Copy菜单place a black and white bitmap on the clipboard将其拷贝到剪贴板,并可复制到其它应用程序.
可在view|counterclockwise菜单选项选择是顺时针还是逆时针绘图.