想确切的知道PCR-DGGE的意义,是要先把DNA或RNA体外扩增,然后鉴定菌种吗?还有就是分析细菌

来源：学生作业帮编辑：神马作文网作业帮分类：生物作业时间：2024/11/10 15:44:12

想确切的知道PCR-DGGE的意义,是要先把DNA或RNA体外扩增,然后鉴定菌种吗?还有就是分析细菌
为什么用16SrRNA而不用DNA呢?

1、关于鉴定菌种问题：确切的说PCR-DGGE不能准确鉴定细菌至种属,只能达到门、纲的水平.因为DGGE的最适片段长度不超过500bp,这个长度不足以精确鉴定.
2、关于其意义：DGGE用于区别相同长度的基因片段是否存在碱基突变（碱基差异）.例如你扩增大肠和沙门的16S 的V3区,产物均为200bp左右,用普通的电泳跑出来条带在同一位置,混合在一起,在一个泳道跑的话就只有一条带,但是用DGGE跑出来就是两条带,因为两个物种的V3区序列有差异.DGGE现在的用途有：区别两个以上的基因是否存在突变；基因多态性分析.
3、关于为什么不用细菌基因组DNA,而用16S rRNA：根据你的提问,估计你是要分析微生物群落的多样性.16S能用于细菌种属鉴定,是因为其序列具有种属特异性,16S又可进一步划分为多个区域,这些区域有保守性的,也有可变区.在DGGE中,常用16S的可变区V3区或V6区来进行分析.可变区在不同的种属间存在差异,所以可以通过DGGE分开.不用其他DNA,可能因为大小不适合DGGE,也可能是因为序列差异性不适合DGGE,还可能是因为不同细菌的该基因大小不一样,用DGGE就没意义了.
再问：那先PCR的意义在于放大要分析的遗传产物吗？
再答：是的。另个原因。1是扩大，2是不通过PCR，总DNA中有各种基因，DGGE就无意义，PCR过后产物为同样大小的V3或V6，才能进行DGGE。不过PCR之后，只有优势菌的16S才能通过DGGE区分出来。举个栗子：比如要分析肠道菌群多样性，采样为肠内容物，提取总DNA扩增16S的V3区，肠道微生物中比例低于3%（具体百分比不记得了，随便写的）的细菌，在PCR反应中可能就被优势菌盖住了，扩不出来，或者扩出来也极少，DGGE显示不出来，所以会对多样性造成一定的影响，这是PCR-DGGE分析多样性的一个弊端。不过不知道这两年有没有技术改进。

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