神马作文网水稻引物设计的步骤 请高手能帮忙介绍下水稻设计引物的步骤,过程能够简绍下方法.
来源：学生作业帮 编辑：神马作文网作业帮 分类：生物作业 时间：2024/11/16 22:07:21
水稻引物设计的步骤 请高手能帮忙介绍下水稻设计引物的步骤,过程能够简绍下方法.
要先在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 网址查询有关序列,再在Primer Premier 5软件中进行引物设计,主要要注意以下几个方面：
① 引物长度
一般引物长度为18~30碱基.总的说来,决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度.有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度.
在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃
在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃
另外有许多软件也可以对退火温度进行计算,其计算原理会各有不同,因此有时计算出的数值可能会有少量差距.为了优化PCR反应,使用确保退火温度不低于54℃的最短的引物可获得最好的效率和特异性.
② GC含量
一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%,一对引物的GC含量和Tm值应该协调.若是引物存在严重的GC倾向或AT倾向则可以在引物5’端加适量的A、T或G、C尾巴.
③ 退火温度
退火温度需要比解链温度低5℃,如果引物碱基数较少,可以适当提高退火温度,这样可以使PCR的特异性增加；如果碱基数较多,那么可以适当减低退火温度,是DNA双链结合.一对引物的退火温度相差4℃～6℃不会影响PCR的产率,但是理想情况下一对引物的退火温度是一样的,可以在55℃～75℃间变化.
④ 避免扩增模板的二级结构区域及错配
像二级结构、错配等在Primer Premier 5均有判断,最后再加一步同源性分析,避免引物的非特异性扩增.
① 引物长度
一般引物长度为18~30碱基.总的说来,决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度.有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度.
在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃
在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃
另外有许多软件也可以对退火温度进行计算,其计算原理会各有不同,因此有时计算出的数值可能会有少量差距.为了优化PCR反应,使用确保退火温度不低于54℃的最短的引物可获得最好的效率和特异性.
② GC含量
一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%,一对引物的GC含量和Tm值应该协调.若是引物存在严重的GC倾向或AT倾向则可以在引物5’端加适量的A、T或G、C尾巴.
③ 退火温度
退火温度需要比解链温度低5℃,如果引物碱基数较少,可以适当提高退火温度,这样可以使PCR的特异性增加；如果碱基数较多,那么可以适当减低退火温度,是DNA双链结合.一对引物的退火温度相差4℃～6℃不会影响PCR的产率,但是理想情况下一对引物的退火温度是一样的,可以在55℃～75℃间变化.
④ 避免扩增模板的二级结构区域及错配
像二级结构、错配等在Primer Premier 5均有判断,最后再加一步同源性分析,避免引物的非特异性扩增.
水稻引物设计的步骤 请高手能帮忙介绍下水稻设计引物的步骤,过程能够简绍下方法.
求PCR引物设计哪位朋友帮我设计一个引物,用下面的序列,最好有设计步骤,满意答案后再加30分,tgagaaaaca ac
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