在序列拼接中,为什么说n50越大,拼接效果越好?
来源:学生作业帮 编辑:神马作文网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/11/23 22:54:45
在序列拼接中,为什么说n50越大,拼接效果越好?
因为如果n50越大,表明那些含有较多碱基的reads就较多,也就是长片段的reads很多,当然拼接的效果也就越好.
再问: 因为如果n50越大,表明那些含有较多碱基的reads就较多,我就是不明白这个是为什么?
再答: 这个你就得把n50的定义搞明白了就知道了吧。 n50就是 把contig或scaffold从大到小排序,并对其长度进行累加,当累加长度达到基因组序列长度一半时,最后一个contig或scaffold长度。如果这个值越大,就是说在这些个contig中含有较大长度啊。
再问: 因为如果n50越大,表明那些含有较多碱基的reads就较多,我就是不明白这个是为什么?
再答: 这个你就得把n50的定义搞明白了就知道了吧。 n50就是 把contig或scaffold从大到小排序,并对其长度进行累加,当累加长度达到基因组序列长度一半时,最后一个contig或scaffold长度。如果这个值越大,就是说在这些个contig中含有较大长度啊。
基因组装的时候参数N50的大小反映什么问题?是不是n50越大,说明序列拼接约成功,或者原始数据越可靠?
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