SNP基因分型简介

SNP基因分型简介

SNP基因分型/阅微基因　
服务编号方法内容说明价格周期SNP01TaqMan探针法　荧光定量PCR仪15元/SNP2-4周SNP02SNaPshot法　ABI 测序仪15元/SNP1-4周SNP03HRM法　荧光定量PCR仪10元/SNP1-3周SNP04MassArray法　Sequenom质谱仪询价2-4周SNP05BeadXpress法　Illumina BeadXpress询价10-15周SNP06数据分析服务　进行疾病关联性等群体遗传学分析询价1-2周
背景介绍：
SNP（single nucleotide
polymorphism）,即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态.一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位
基因.SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点.有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致
病.单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面）和疾病相关基因的研
究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用.根据实验目的和通量的不同,阅微基因通过以下五种方式来提供SNP检测服务：
服务项目：
1．TaqMan探针法
针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增.探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一
个淬灭荧光基团.当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下
来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光.通常用于少量SNP位点分析（见图1）.图1　某SNP位点分析结果　　A.纯合(G/G)　　B.杂合(G/T) 2．SNaPshot法
该技术由美国应用生物公司（ABI）开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目.在一个含有测序
酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根
据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型.对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体
系来获得.通常用于10-30个SNP位点分析（见图2）.图2　人线粒体22个SNP位点的SNaPshot实验结果 3．HRM法
高分辨率熔解曲线分析（HRM）是近几年兴起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存
在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型.这种检测方法不受突变碱
基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析.该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本
低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作（图3）.
图3　某基因的SNP（G>A）进行HRM分析的结果.A图为熔解曲线,B图为差异图 4．Mass Array法
MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具,通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-
MS技术相结合,实现基因分型检测.基于MassARRAY平台的iPLEX
GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测,实验设计灵活,分型结果准确性高.根据应用需要,对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份
样本检测时,MassARRAY具有最佳的性价比,特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证,或者是有限数量的研究位点已经确定的情况.
5．Illumina BeadXpress法
采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测,可以同时检测1-384个SNP位点,往往用于基因组芯片结果确认,适合
高通量检测.微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,极高的集成密度,从而获得极高的检测筛选速度,在高通量筛选时可显著降
低成本.
送样要求：
　　细胞（≥106 ）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（≥20μl,浓度≥50ng/μl）.
提供结果：
　　检测SNP的原始数据、数据分析结果及书面报告.
相关技术服务服务编号服务项目内容说明EXT01DNA提取　从组织材料或血液等样本材料中提取基因组DNA,可应用　液体工作站进行批量处理EXT02血清DNA提取　从1-5ml血清中提取游离DNAEXT03石蜡包埋组织DNA提取　从石蜡包埋的组织块中提取DNA
相关产品名称品牌规格说明　快速qPCR Kit（TaqMan探针法）KAPA BIO1/5/10ml　能够在40分钟内完成反应,同时保证　扩增效率和特异性　热启动Taq酶Microread250/500/1000U2.5U/μl　化学修饰,热启动,特异性极好,　　性价比很高　基因组DNA提取试剂盒Microread50/100次　离心柱型,纯度更高　DNA快速提取试剂KAPA BIO50/100/250/500次　20分钟完成提取,操作简便　POP4胶Microread7ml　3130/3100系列测序仪用　POP7胶Microread28ml　3730系列测序仪用　310毛细管Microread47cm,5根　基因分型用