细菌的16S rDNA序列测定能对其种属鉴定到什么程度 or种?
来源:学生作业帮 编辑:神马作文网作业帮 分类:生物作业 时间:2024/09/29 13:29:09
细菌的16S rDNA序列测定能对其种属鉴定到什么程度 or种?
生理生化测定是在16S rDNA之前还是之后?
生理生化测定是在16S rDNA之前还是之后?
细菌的16S rDNA序列测定基本都能鉴定到属,由于16s的基因序列长度有限,可变区也有限,只有1500bp左右,只有部分细菌能鉴定到种.如要鉴定到种可结合16s-23s可变区进行,但有些细菌的该区域还没完成测序.
再问: 那16s rDNA测序之后想用生理生化鉴定其“种” 所要进行的生理生化测定项目 是根据其“属”来选择的吗
再答: 可以的,测序完了后先去genbank对比,如果和多种细菌的16s rDNA序列同源性都在99%以上,那就要结合生理、生化等其他特性来鉴别了。不过我一般倒着做,先做生化鉴定,然后再做16s测序进行验证。
再问: 那生理生化试验那么多项 你是怎么选择的 一般做多少项 选那些 选择的依据是什么呀
再答: 呵呵,这个问题问的........... 如果你是学微生物的就会知道,尽管细菌的生化试验很多,但有鉴别应用价值的并不是很多,确定要鉴别的范围(如属内鉴定/鉴别),再选试验。 其实现在有商品化的盒子可用,也可以到医院用全自动微生物鉴定系统鉴定,但这个系统的数据库中环境细菌的种类偏少。这都是我偷懒的办法,自己做的话只要要查查书照着选择项目做就行了。
再问: 那16s rDNA测序之后想用生理生化鉴定其“种” 所要进行的生理生化测定项目 是根据其“属”来选择的吗
再答: 可以的,测序完了后先去genbank对比,如果和多种细菌的16s rDNA序列同源性都在99%以上,那就要结合生理、生化等其他特性来鉴别了。不过我一般倒着做,先做生化鉴定,然后再做16s测序进行验证。
再问: 那生理生化试验那么多项 你是怎么选择的 一般做多少项 选那些 选择的依据是什么呀
再答: 呵呵,这个问题问的........... 如果你是学微生物的就会知道,尽管细菌的生化试验很多,但有鉴别应用价值的并不是很多,确定要鉴别的范围(如属内鉴定/鉴别),再选试验。 其实现在有商品化的盒子可用,也可以到医院用全自动微生物鉴定系统鉴定,但这个系统的数据库中环境细菌的种类偏少。这都是我偷懒的办法,自己做的话只要要查查书照着选择项目做就行了。
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