内参基因条带亮,而目的基因条带暗
来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/10/06 08:33:50
我也遇到过这种问题,个人觉得可能是目的基因的定量引物不好,还有就是要优化PCR条件!
如果实验目的只是基因型鉴定,对PCR产物无其他要求的话,二聚体并非不能忍受,可以尝试以下方法优化反应条件:1.确定DNA模板为阳性,即确定含有目标序列;2.对退火温度设置温度梯度,琼脂糖电泳检测是否有
既然其他样本有结果,说明引物没有问题.而该样本GAPDH也有,说明cDNA没有问题.PCR试剂也OK.目的基因在这个样本中表达很低.如果是做定量的话建议用realtime.这样肉眼看不到的也可以由荧光
当然不一定,比如说你的目的基因的copynumber高或者PCR的效率高都会使得beta-actin的条带不如目的基因的条带亮
存在两种可能性,第一,引物设计错误,可以将引物和参考序列进行拼接后看看能不能顺利拼接,以及拼接之后的目的片段长度;第二,可能是非特异扩增,这个时侯如果确定引物位置没有问题,可以调整退火温度,以及PCR
上下引物的Tm最好相似,不能差异太大,不然不好设计退火温度;内参条带很亮,说明RT应该没多大问题,问题可能出现在PCR上.没有目的基因是因为1该基因确实不表达;2你的引物不特意,到NCBI的Prime
就是你那样做的.亮的就稀释模板,上样量当然要保持
提交不了答案.不要调一致把内参也检测了
为啥要把内参调一致呢你每次都也检测一下内参不就好了然后用目的基因的比上内参一般很少有什么调一致的吧.
可能有很多原因,最常见的原因是1.模板不干净,2.引物设计不当,3.退火温度过高,等等
1、内参没有被扩增出来2、电泳时内参没加loadingbuffer或染料
目的蛋白加上标签蛋白的总分子量,当然会有误差.像GST这种标签很大的,有30kd左右.而FLAG,HIS等都比较小.
不同基因之间表达量差异很大,可达上千甚至上万倍之差,所以CT值差10以内属正常现象,但通常选用内参基因属于表达量较高的持家基因,如果目标基因和内存基因表达量(CT值差)过大,用内参基因来衡量目标基因的
恐怕还是cDNA的问题,actin因为量比较丰富,所以即使破坏一些仍能P出来,但你的目的基因就不同了
这样子调内参基因的条带似乎是不严谨的.理论上来说,如果你用相同总量的cDNA或DNA模板,并用相同的内参基因引物对,相同实验条件和循环次数,你应该得到相同的内参基因条带,这才能证明你的每次实验操作是可
体系没啥调整的降低退火温度不行的话就换对引物再问:降低了啊,P出很多带,但是没有大小和目的条带相符的,我用的是KOD高保真酶,和选用的酶关系大吗?再答:一般关系不大如果实验室还有别的可以试一下应该是引
1.protein-blot之前用Bradford测一下总蛋白量,估摸一下2.做完第一次后,用photoshop软件测一下各个内参条带的光密度值,这样可以给第二次调整的时候一个参考.
发个照片看看.
重新设计引物,把酶切位点给换掉.这是最保险也是最简单的方法.还有一种就是半酶切方法,做一个test,减少酶量,缩短酶切时间,这样就会有几种情况出现,至少会出现你需要的片段,这就要你去找合适的酶量和酶切
我不了解你的实际情况,我给你几条建议:1.可能是内参引物有问题2.你扩增内参基因的PCR条件设计可能有问题,如Tm3.你用的是一块胶吗?加核酸染料了吗?